酱油酿造过程在中国数千年的演化过程中，如今已经分成了非常鲜明的种类划分，其中主要是以地域和生产工艺为主要划分手段的方式进行划分，比如低盐固态酱油、高盐稀态酱油以及广式酱油与非广式酱油等等。
无论何种酱油酿造工艺，或者说酱油具体是在什么地理位置下进行酿造的，归根结底都逃离不开酱油酿造的一个基础过程，而从发酵工艺角度自身考虑，酱油酿造其最终的两大核心要素有两大类——原料和微生物。
第一要素——原料
原料是酱油酿造第一要素，原料种类的选择以及原料组成配比都与酱油最终酿造结果的好坏有着直接关系。
豆粕和黄豆。酱油主原料主要是豆粕和黄豆，其酿造结果特点非常鲜明，豆粕因已除去油脂类物质，因此在出品率上，豆粕要高于黄豆，但是从最终酿造口感上，由于整黄豆在蛋白分解过程中，一些可溶性油脂可以进入酱油，因此在整体口感上，要优于豆粕酱油，但是从成本上考虑，要高出豆粕酱油不少。
淀粉、小麦和炒麦。这三种淀粉物质是常用的淀粉类物质。淀粉是现代酱油酿造中必不可少的原料成分，一是因为淀粉可以水解成糖类物质，可以给酱油带来更多的口感体验，二是淀粉是重要的碳源类物质，尤其是对于酿造过程微生物来说，是酿造微生物重要的营养来源。为了在酿造最终口感以及过程微生物碳源上有个良好的平衡，以日式酱油为代表的酱油酿造工艺将大豆和小麦的配比严格控制在5:5。
第二要素——微生物
酱油酿造究其根本是一个微生物生长繁殖和生物作用的一个过程，酱油实际上是微生物作用的一个最终结果产物。所以如果将酱油酿造比作一个生产线的话，原料实际上是零配件，而微生物是这个生产线实际的操作者。
微生物是酱油酿造的核心，这个似乎很早就被人知道，然而对于微生物实际的了解和探索我们做的又十分有限。举个简单例子，酱油酿造是多种微生物的一个综合作用过程，然而在相当长的一段时间，酱油酿造过程中实际可以控制的微生物只有米曲霉一种，其余种类的微生物大多还有靠天吃饭的成分，即便在现在，酱油酿造实际可操作的微生物也只有三个种类，分别是米曲霉、乳酸菌和酵母。但显然，对于微生物更多、更精细的操作，可以对于酱油酿造的产品稳定性和品质有着显著的影响。
工业化微生物对于传统酿造行业有着非常积极的推动作用，在若干年前，酿酒活性干酵母的诞生彻底改变了生物乙醇以及大多数酒类发酵的进程。而在酱油酿造行业，目前也有越来越多的工业化可控制微生物，比如曲精类、酵母类制品，这些工业微生物产品对于诸如酱油这些传统发酵产业有着积极的推动作用。